Лицей №9 тесно сотрудничает со следующими организациями:

1. Смоленская Государственная медицинская академия (договор о сотрудничестве).
2. Московский Государственный университет имени М.В.Ломоносова.
3. Московский физико-технический институт
4. Калужский Государственный университет им. К.Э.Циолковского
5. Калужский филиал Московского государственного технического университета им. Н.Э. Баумана.
6. Калужский Государственный институт модернизации образования (КГИМО).
7. Информационно-методический центр Управления образования г. Калуги.
8. НПО им.С.А.Лавочкина.
9. Городской центр практической психологии.
10. Городская станция юных техников.
11. Областная станция юных туристов.
12. Городской центр развития творчества и юношества «Созвездие»
13. Центр дополнительного образования детей.
14. Школы искусств № 1 и № 2.
15. МЭШДОМ
16. Центр космического образования.
17. Клуб юных космонавтов.
18. Молодежный городской центр занятости.
19. Центр здоровья.
20. Областной центр по профилактике СПИДА.
21. Лесничество «Калуга – бор».
22. Кинотеатр «Центральный».
23. Калужский драматический театр им. А.В.Луначарского.
24. Театр юного зрителя.
25. Концертный зал Калужской филармонии.
26. Концертный зал имени Танеева
27. Городская библиотека им. Н.В. Гоголя.
28. Художественная галерея «Образ».
29. Музеи (художественный, краеведческий, космонавтики, Дом-музей К.Э.Циолковского, музей Чижевского)
30. Детско-юношеская спортивная школа № 5, ДЮСШ «Юность», спорткомплекс «Труд».
31. Специализированный учебно-научный центр МГУ им. А.Н. Колмагорова
32. Лаборатория судебно-медицинской экспертизы
33. Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Главная (Пулковская) астрономическая обсерватория Российской академии наук